Очень интересный документ: Письмо ФНС от 09.08.2016 \ № ГД-4-11/14515
В Письме рассмотрены различные ситуации, приведены примеры расчетов штрафов, моменты их исчисления.

Налоговый кодекс прямо такую ситуацию не рассматривает, но при проверках налоговые органы в таком случае считают, что уплаты НДФЛ не было, и доначисляют пени и штрафы.
Мы рассматривали эту ситуацию в консультации http://finbau.ru/questions/430.…

Налоговый кодекс содержит очень удобную для чиновников статью – п.4ст.31 – корреспонденция считается полученной налогоплательщиком на шестой день со дня отправки заказного письма. Факт получения письма в данном случае налоговиков совершенно не заботить, 6 дней прошло – значит получили. Если это требование и организация не представила вовремя документы —  значит штраф по ст. 126 НК РФ.
Очень удобно, как в поговорке «прокукарекал – а там хоть не рассветай».